У кінці XVI ст. надзвичайно широкого розмаху набуло два козацько-селянських повстання: 1591-1593 рр. під проводом гетьмана реєстрових козаків Криштофа Косинського (охопило Київщину, Брацлавщину, Поділля, Волинь) та повстання 1594-1596 рр. під проводом сотника надвірних козаків князя К. Острозького – Северина Наливайка (охопило майже всі українські землі).
Основними причинами першої хвилі народного гніву були посилення кріпосницького та національного гніту (нагадаймо, що «артикули» польського короля Генріха Валуа (1573) та третій Литовський статут (1588) фіксували остаточне оформлення кріпосного права); енергійна експансія шляхти на відносно вільні українські землі, колонізовані «уходниками» та запорожцями; зіткнення інтересів шляхетської та козацької верств; намагання офіційної влади Речі Посполитої взяти під контроль козацтво.
Повстання К. Косинського (1591—1593) — перший великий селянсько-козацький виступ. Приводом до нього стало захоплення білоцерківським старостою К. Острозьким козацьких земель. Цей виступ, підтриманий міщанами та селянами, незабаром переріс у масштабний повстанський рух, який протягом 1592—1593 pp. охопив Київське, Волинське, Брацлавське і частково Подільське воєводства. Успіхи повстанців налякали офіційну владу. Київський воєвода Костянтин Острозький, зібравши численне шляхетське військо та загін німецьких найманців, у серпні 1593 р. завдав поразки козацькому війську у вирішальній битві під П’яткою на Житомирщині. К. Косинський з частиною козаків змушений був відійти на Запоріжжя. Зібравши двохтисячне військо, повстанці в травні 1593 р. розпочали новий наступ. Під час облоги Черкас загинув К. Косинський (за однією версією під час бою, за іншою — підступно вбитий слугами князя Випіневецького в ході переговорів). Залишившись без лідера, повстанці зазнали поразки.
Після першого великого спалаху народної активності 1594 р. розпочинається козацько-селянське повстання під проводом С. Наливайка. Повстання Наливайка поставило під загрозу існування польської влади в Україні.
Северин Наливайко виношував проект створення незалежного від Речі Посполитої українського князівства, Придушивши повстання, польський сейм у 1597 р. проголосив козаків ворогами держави і прийняв рішення “винищити їх до останку”.