У 1762 р. престол зайняла Катерина II прибічниця централізму, яка рядом заходів остаточно ліквідувала автономний устрій України:

Те, що не встиг зробити Петро І в Україні, завершила Катерина II. У 1764 р. було остаточно ліквідоване гетьманство. Нову Малоросійську колегію очолив граф П.Румянцев, генерал-губернатор Малоросії. II Малоросійська колегія провела протягом 1765-1767 рр. перепис населення і господарств із метою збільшення поборів, а також остаточно підпорядкувала українські землі російській адміністрації.

Намагання української старшини захистити свої права і вольності випливало з розуміння нею політичної й культурної окремішності Гетьманщини. В Україні вважали, що Малоросія і Велика Росія є окремими землями, які мають спільного монарха.

У 1763 р. козацька старшина у Глухові затвердила програму дій задля збереження й розширення автономії. Від царського уряду вимагали підтвердження українсько-московоських договорів, а також установлення спадкоємності гетьманської влади у родині Розумовських.

Автономістський рух не припинився і після остаточної ліквідації гетьманства. У 1767 р. він проявився з новою силою у зв’язку із скликанням Катериною II особливої комісії Законодавчих зборів для перевірки законів і укладання нового кодексу. Тоді у деяких козацьких полках представники різних станів вимагали відновлення старих порядків. Найактивніших 11 осіб було засуджено до страти, багатьох на довічне ув’язнення. Імператриця помилувала всіх засуджених, але ця справа набула широкого розголосу в Україні.

Внаслідок чергової російсько-турецької війни 1766-1774 рр., Росія вийшла до Чорного моря і Запорозька Січ втратила своє стратегічне значення. Але, крім військових чинників, важливу роль у подальшій долі запорожців відігравали економічні й політичні розрахунки імперських чиновників: необхідно було розчистити дорогу для російської колонізації південних причорноморських земель, а також ліквідувати останній притулок пригноблених і непокірних. 4 червня 1775 р. війська генерала П.Текелії знищили Запорозьку Січ. Козаків переводили у розряд державних селян, військовий скарб та майно конфіскували, а територію Запорозьких вольностей включили до Азовської та Новоросійської губерній, пізніше Катеринославського намісництва. Останнього кошового П.Калнишевського було ув’язнено на Соловках, де він провів понад 25 років у жахливих умовах одиночної камери.