На кінець XVІ ст. центр подій в Україні знову переміщується на схід у Придніпров’я, яке протягом довгого часу лишалося малозаселеним. На порубіжних із татарами землях формується новий стан – козацтво. Тюркське за походженням слово «козак» означало вільних, незалежних від пана людей. Вперше цей термін використано у Початковій монгольській хроніці (1240).
Заселення прикордонних окраїн – досить характерне явище початкового періоду східноєвропейської історії. Схожі з козаками соціальні групи виникли в Росії, на Дону, в Угорщині, Хорватії та іншиххристиянських землях, на їхніх незалюднених кордонах з Оттоманською імперією. Але ніде ці «периферійні» стани не відіграли такої великої ролі в суспільстві, як на Україні.
Існує низка версій, спрямованих на з’ясування походження козацтва. Зокрема існувало чимало спроб «вивести» козацтво від більш давніх степових народів – хозарів (козарів), чорних клобуків, черкесів (черкасів), татар. Інші автори генетично пов’язували козаків з різними групами слов’янського населення Київської Русі, Великого князівства Литовського, Речі Посполитої (автохтонна, болохівська, бродницька, уходницька, захисна, соціальна теорії тощо).
Утворення козацтва було тривалим процесом. Вже у ХІІ–ХІІІ ст. на півдні України з’являються бродники та берладники – вільні ватаги воїнів, які, крім війни зі степовиками, займалися уходництвом, торгівлею. Їх вважають безпосередніми пращурами козацтва.
Перші згадки про українських козаків зустрічаються в історичних джерелах 80–90-х років ХV ст., коли йдеться про населення центральної України, яке ходило на різні промисли («в уходи») – полювання, рибальство, видобуток солі, селітри або займалося охоронною службою на кордоні між князівством Литовським і Кримським ханством.
Польсько-католицький гніт, що поширився у заселених західних районах України, породжував численних утікачів, особливо поміж селян, які надавали перевагу небезпекам прикордонного життя перед кріпацтвом. Тож в середині XVІ ст. чисельність козаків значно зросла.
Заснував Запорозьку Січ нащадок великого князя литовського Ольгерда Дмитро («Байда») Вишневецький (1516–1563), черкаський і канівський староста. Впродовж 1553–1554 рр. він зібрав розрізнені козацькі ватаги і збудував на острові Мала Хортиця укріплення, що стали заслоном від татар. Незабаром Байда зі своїми козаками організував кілька походів у Крим.
Січ являла собою військовий табір і, водночас, козацьку громаду, товариство, організоване на кшталт напівчернечого, напівлицарського ордену, зі своїми звичаями, законами. Головним елементомполітичного устрою Війська запорізького була загальна козацька рада. Вона обирала кошового отамана і старшину (суддю, осавула, писаря тощо). Кошовий був військовим головнокомандуючим, зосереджував всю повноту вищої виконавчої, адміністративної та судової влади. У воєнний час він мав право діяти як необмежений диктатор, але без загальної ради всього Війська не міг приймати принципових рішень.
Запорозька Січ розташовувалася в недосяжності від урядової влади. Однак чимало козаків проживало й у порубіжних містах. Як і січовики (ще їх називали низовим козацтвом), городові козаки ігнорували урядову владу, визнаючи лише своїх старшин. З 1572 р. польський уряд наймав певну кількість козаків до себе на службу, вносячи їх до реєстру (списку). За службу вони отримували хутори навколо Переяслава, інших прикордонних міст. Відносно заможне реєстрове козацтво різко відрізнялося від нереєстрових козаків, які рідко коли мали більше, ніж прості селяни. Основними завданнями реєстровців були охорона кордонів та контроль за нереєстровими козаками. Часто стосунки між тими й іншими ставали досить напруженими.
Для козаків, як реєстрових, так і низових, був установлений власний «присуд», тобто вони вийшли з-під юрисдикції місцевої адміністрації. Завдяки цьому козацтво відокремилося від решти населення Речі Посполитої й почало оформлятися в самостійну станову групу.
У 20-ті роки ХVІІ ст. уряд Речі Посполитої санкціонував адміністративно-територіальну побудову реєстрового війська з шести територіальних полків на королівських землях. Невдовзі потому старшина Війська Запорізького розділилася на реєстрову, з розміщенням у прикордонних містах, та нереєстрову – з дислокацією на Січі.
Походи козаків проти татар, а особливо проти їхнього сюзерена – Оттоманської імперії – наймогутнішої держави тогочасного світу, приносили їм гучну славу. Вже у 1595 р. австрійські Габсбурги (правляча династія) послали на Січ свого посла для укладення угоди про спільний виступ проти турецьких військ у Молдові. Встановив контакти із запорожцями й папа римський.
Найбільшого розмаху козацькі походи сягнули між 1600 та 1620 рр. Однак треба пам’ятати, що далеко не кожен з козацьких походів мав характер відплатної або ж упереджувальної акції чи був умотивований іншими благородними намірами – війною за віру, потребою визволити побратимів тощо. Частина з них зводилася до корисливого пограбування турецьких берегів.
Отже, Січ діяла як суверенна держава, вступаючи у війни й підтримуючи власні зовнішні стосунки. М. Костомаров назвав Січ «християнською козацькою республікою», і це визначення стало класичним.
Все ж, мова має йти тільки про деформований варіант державності: інтенсивність розвитку військової сфери супроводжувалася примітивністю економічного сектора (відсутність власної фінансової системи, грошей, міст, розвинутої інфраструктури). Але в процесі українського державотворення Запорозька Січ свій яскравий слід, безумовно, залишила.
Поряд із зростанням значення козацтва новою енергією наповнювалося українське релігійне й культурне життя. Київ знову став центром православ’я. Для релігійної та культурної верхівки Києва, значна частина якої була пов’язана з Могилянською колегією, це був час духовного злету й інтелектуального розвитку.