Сучасний, постнекласичний етап розвитку науки характеризують такі методологічні новації: зміна специфіки дослідження та зростання ролі міждисциплінарних, комплексних програм у дослідженні відкритих складних людиновимірних систем, що саморозвиваються; зміцнення цілісності та прагнення до неї, тобто усвідомлення необхідності глобального всебічного погляду на світ (а звідси і зближення східної та західної парадигм мислення, раціональності та ірраціональності, методологічний плюралізм); впровадження ідей та методів синергетики — теорії самоорганізації, орієнтованої на пошук законів еволюції відкритих несталих природних, соціальних чи когнітивних систем; висування на перший план понять невизначеності, вірогідності, хаосу, нелінійності, біфуркації та флуктуації, які відображають характеристики сучасного несталого світу.

Зростає роль і значення в сучасній науці діалектичного філософського методу, намагання вченими поєднати буття та становлення. Відбувається поєднання макро- та мікросвітів; руйнується жорстка дихотомія природничих та соціальних наук, зближуються та взаємодіють їхні методи; підсилюється значення «антропного принципу», який передбачає встановлення зв’язку між Всесвітом та життям людини на Землі.

Зростаюча математизація наукових теорій, їх рівень абстрактності й складності тісно пов’язані з підсиленням значення й ролі філософських методів, без яких не може обійтися жодна наука. Йдеться також про все більшу значущість апарату герменевтики, «особистісних методів», методу соціально-гуманітарних експертиз, семіотичних методів, кількісних та статистично-ймовірнісних засобів пізнання.