Осягнення такого феномену в історії філософської думки України як її духовно-академічна філософія XIX ст. зобов´язує звернутися до витоків її «золотого віку», упродовж якого була створена, за словами представника філософії російського духовного ренесансу Павла Флоренського (1882—1937), «славетна київська школа», засновниками якої були Інокентій (Іван Борисов, 1800—1857) та І. Скворцов. Саме за ректорства Інокентія було започатковано «історичний напрям» духовно-академічної традиції в Київській духовній академії, що вважається її найсуттєвішою особливістю і котрий докорінно відрізнявся від «догматичного напряму» московської духовної академії, заснованого московським митрополитом Філаретом (Василем Дроздовим, 1783—1867) — укладачем маніфесту про визволення селян від кріпацтва 1861 р.

Київська духовна академія була реорганізована у 1819 р. і залишалася єдиною спадкоємицею давніх освітніх традицій Києво-Могилянської академії XVII—XVIII ст. Вони відрізнялись від освітніх традицій інших духовно-навчальних закладів, зокрема Московської слов´яно-греко-латинської академії. Освітня традиція Києво-Могилянської академії сприяла тісному зв´язку із західним світом. Вона трансформувала культуру українську і європейську, зокрема польську, що було закономірно, оскільки Лівобережна Україна до середини XVII ст. входила до складу Речі Посполитої. Тому Києво-Могилянська академія була організована на зразок польських католицьких колегій, а «за зовнішнім своїм устроєм була представницею так званої латинської освіти, улаштована була на зразок західноєвропейських католицьких, зокрема, єзуїтських колегій», — стверджував історик КДА кінця XIX — початку XX ст. Ф. Тітов. — «… За своїм же внутрішнім характером Києво-Могилянська академія була створена для захисту православної віри від натиску польсько-латинської культури, і завжди лишалась найсильнішою опорою православ´я… у боротьбі з католицтвом та полонізмом».

Будучи першим вищим навчальним закладом на теренах України, Києво-Могилянська академія мала домінуючий освітній вплив на Московію. Зокрема, Московська слов´яно-греко-латинська академія була на початку XVIII ст. цілком реформована за київським зразком. Якщо ідеологія Києво-Могилянської академії була переважно прозахідною і тяжіла до латинської схоластики, з якою змушена була рахуватись її православна спрямованість, то Московська академія в усі часи її складної еволюції, незважаючи на західні впливи, орієнтувалась більше на візантизм і святоотчу традицію. «Московське “невігластво” XVII ст., — писав Г. Флоровський, — не треба перебільшувати. Не вистачало не стільки знань, скільки перспективи, культурної та духовної… У другій половині століття ставиться й вирішується питання про школу. І розпочинається палка суперечка: ця школа повинна бути слов´яно-грецькою чи латинською. Це питання одразу ж ускладнилося та загострилося суперництвом заїжджих греків і київських вихідців. В цілому, звичайно, кияни були вищі за цих грецьких мандрівників, часто-густо тільки шукачів пригод та користі. Але завести вони могли і хотіли школу латинську, — і не тільки за мовою, але й за духом».

Києво-Могилянська академія починає відігравати вирішальну роль у поширенні освіти і розбудові культури в Московії. Переїзд до Московії українських просвітників активізувався після прийняття Переяславської угоди 1654 p., а ще більше — в петровську добу. Із Києва до Москви перебираються вихованці, а також діячі академії — Єпіфаній Славинецький, Арсеній Сатановський, Симеон Полоцький, Іоаникій Галятовський, Лазар Баранович, Дмитро Ростовський, Стефан Яворський, Гавриїл Бужинський, Феофан Прокопович. Українські вчені і церковні діячі XVIII ст. брали активну участь у поширенні освіти як письменники, оратори, викладачі навчальних закладів, перекладачі тощо. Перші праці з граматики слов´янської мови, словники, історичні твори та інші зразки літератури прийшли в Москву з України. Багато московських літераторів, провідників Петрових реформ походило з України або виховувалося під впливом «латинської київської школи» (Г. Флоровський).

Українські впливи і догматичність російського православ´я значною мірою проявилися з відкриттям Київської духовної академії та діяльності її ректора Інокентія, зумовивши такі два протилежних напрями у підході до богослов´я і філософії:

1) «сердечне богослов´я». Насамперед це був напрям свідомо здійснюваної у духовних школах політики, вираженої у виховних завданнях, які поставив перед духовними школами статут 1814 р. Важливо, що остаточна редакція статуту була здійснена саме Філаретом — доктором православного богослов´я і ректором Санкт-Петербурзької духовної академії. Ці заходи зводилися до формування внутрішньої людини, яка б усе своє життя покладалася на непохитне переконання у спасительних істинах віри («Внутрішнє формування юнаків до дієвого християнства хай буде єдиною метою усіх училищ»).

Філарет як авторитетний представник «сердечного богослов´я» завжди наголошував на необхідності богословствування як винятково єдиного і незамінного фундаменту цілісного духовного життя. Найулюбленіший його афоризм — «богослов´я розмірковує» — означав пробудження розуму, а не розвиток пам´яті.

Цілковитою протилежністю до Філаретових богословських проповідей були промови Інокентія: «Він вмів захоплено поставити проблему, викрити цю проблему у несподіваній формі, захопити увагу свого читача чи слухача і блискуче переказати йому чужі висновки» (М. Бердяев). На відміну від Філарета, який не любив «холодної філософії», Інокентій був, за словами М. Бердяева, «єдиним ієрархом церкви, якого слід згадати, коли говорити про російську релігійну філософію… Архієпископа Інокентія можна назвати радше філософом, ніж богословом. Він… пройшов через німецьку філософію й мислив дуже вільно». Знавцем філософії німецького ідеалізму його вважали російські мислителі Михайло Бакунін (1814—1876) і Микола Станкевич (1813—1840), на що вказував Д. Чижевський. До «німецького напряму» в російській богословській науці зараховував Інокентія і Г. Флоровський, якого певний час підозрювали і звинувачували в «неологізмі», навіть було призначено негласне слідство за способом його думок. Флоровський вважав, що для цього були приводи. Ініціатором цих звинувачень був Філарет;

2) «неологізм». Так називали богословську школу морально-раціоналістичного витлумачення християнства. Її поява була пов´язана з діяльністю Ігнатія-Аврелія Фесслера (1756—1839), запрошеного М. Сперанським із Берліна до СПбДА читати давньоєврейську мову і біблійну екзегетику.

У теоретичних побудовах Інокентія відшукати ознаки «неологізму» не вдалося, хоч він навіть написав філософський трактат «Про неологізм чи раціоналізм», опублікований в «Історії філософії» архімандрита Гавриїла. Хоч Інокентій не був професійним філософом, він суттєво сприяв розвиткові духовно-академічної філософії. Під час його ректорства кафедру філософії обіймав І. Скворцов, однак головну заслугу у розквіті філософії пов´язують з Інокентієм. Він був насамперед богословом і проповідником. Достеменно усвідомлював роль філософії для богословської освіти, тому дбав про використання у навчальному процесі найновіших досягнень західної, насамперед німецької, філософії. За його ініціативою з 1831 р. було впроваджено в КДА викладання філософії російською мовою, що сприяло створенню власної філософської термінології. З позицією Інокентія пов´язана відмова від використання у викладанні філософії посібника Вінклера, позначеного схоластичним анахронізмом, що вимагала комісія духовних училищ. Відтоді професори повинні були розробляти власні курси філософії.

Особливо значущі заслуги Інокентія у розвитку богословської науки. У своїх лекціях спочатку в СПбДА, а згодом і в КДА він повністю реформував постановку і метод богословського курсу: замість схоластичної системи він запровадив історію догматів, створив нові галузі богословської науки: релігієзистику (основне богослов´я); богослов´я порівняльне (оцінка різних віросповідань з погляду православ´я), еклезіастику (вчення про склад та юрисдикцію церкви), символіку (історичний огляд символічних викладів християнського вчення). Його новаторство в царині богослов´я найбільше виявилося у запровадженні нового методу викладу богослов´я — історичного (історико-порівняльного).

Історичний метод постав у зв´язку з виникненням у богослов´ї запитання, пов´язаного з розглядом християнської догматики. Наприклад, чи була вона в усі часи однаково вичерпною за своєю визначеністю. Адже якщо розглядати догмат як Божественну думку, то він постає як єдиний і незмінний, адже якщо розглядати його як думку Божественну, яка засвоюється людським розумом, то його зовнішня масивність з часом збільшується. Це означає, що кожний догмат має свою сферу, яка з часом збільшується, все тісніше стикається з іншими частинами християнської догматики і, нарешті, вся царина людського розуму просвітлюється. Історизм при цьому розкривається через розвиток, а це означає, що тільки за допомогою історичного чи генетичного методу можна побудувати систему церковного богослов´я, на чому наголошував Інокентій.

На цій підставі можна дійти висновку, що принцип розвитку, котрий розгортається завдяки застосуванню історичного методу в богословській науці, протиставляється принципу збереження і дотриманню давньої віри, первозданних начал Святого Передання. Тобто якщо «сердечне богослов´я» як напрям виховання у духовній школі XIX ст. міг бути здійснений тільки завдяки «догматичному методові» як методу збереження у незмінному вигляді начал Святого Передання (який виражала смислова «лінія» творчості Філарета), то «німецький напрям», частковим проявом якого був «неологізм», міг бути виявлений за допомогою історичного методу як методу розкриття внутрішньої ідеї Святого Передання через його вивчення у розвитку (його виражала смислова «лінія» творчості Інокентія).

Отже, світоглядна позиція, уподобання Інокентія сприяли зародженню і формуванню Київської релігійно-філософської школи з притаманними тільки їй особливостями.