Новим гетьманом Правобережжя був обраний П. Дорошенко (1665–1676) – поборник ідеї сильної, самостійної, соборної України. Його діяльність розпочалася у дуже несприятливій внутрішній і геополітичній обстановці. Роз­членована на два гетьманства держава була знесилена безкінечною війною. Так, на середину 60-х рр. лише Правобережжя втратило близько 70% свого населення.

Складалася сприятлива ситуація для поділу земель Ук­раїни між Московією і Річчю Посполитою. Російський уряд, висловлюючи готовність встановити кордон по р. Дніпро, відмовився від надання істотної допомоги повстанцям Правобереж­жя й повів курс на інкорпорацію Лівобережжя. Восени 1665 р. І. Брюховецькому було нав’язано ук­ладення нового договору. «Московські статті» передбачали перебування воєвод і мос­ковських залог в усіх великих містах, передання збору податків воєводам, здійснення виборів гетьмана лише в присутності царського представника, заборону гетьману зовнішньополітичної діяльності тощо. У березні 1666 р. І. Брюховецький отримав наказ «без затримки» передати воєводам міські ключі, гар­мати та запаси продовольства у містах. Розпочався перепис населення й збір податків до московської скарбниці.

Реально оцінюючи обстановку, П. Дорошенко прагнув перш за все домогтися зміцнен­ня влади у Правобережжі, щоб згодом приступити до возз’єднання козацької України (при цьому сподівав­ся отримати допомогу з боку польського уряду). Скликана на початку березня 1666 р. розширена старшинська рада підтвердила його гетьманські пов­новаження і ухвалила направити до короляпосольство, аби домагатися виведення польських за­лог, замирення з Лівобережною Україною, ліквідації унії, повернення православній церкві захоплених храмів і майна, відновлення усіх прав і свобод Війсь­ка Запорозького, відкриття українських шкіл і семінарій та ін. Однак, як і слід було очікувати, най­важливіші з вимог Ян Казимір відхилив.

П. Дорошенко налагодив добрі стосунки з новим кримським ханом. А в липні–серпні, коли спалахнуло велике повстання Переяславсь­кого полку проти московської політики та влади І. Брюховецького, зробив першу спробу поширити свою владу на Лівобережжя. Оскільки повстання було придушене, вона зазнала невдачі.

Восени 1666 р. гетьман дійшов висновку, що об’єднання України під верховенством Польської корони не підтримується більшістю населення, а Річ Посполита не надасть дієвої допомоги у реалізації пла­ну возз’єднання козацької держави. Гетьман вбачав можливість піти на зближення з Портою, володар якої запропонував визнання удільності України та згодився надати військову допомогу на умовах своєї протекції.

Щоб уникнути кровопролитної міжусобної боротьби, Дорошенко закликав козаків всієї України (включаючи Лівобережжя й Запорожжя) зібрати чорну раду на р. Росаві з метою обрання єди­ного гетьмана, засвідчуючи готовність покласти свою булаву й визнати владу того, кого обере більшість. Цей крок знайшов розуміння й підтримку козац­тва, однак І. Брюховецький та більшість лівобережної старшини відмовилися з’явитися на раду. Тож задум П. Дорошенка не був реалізований.

Чимало уваги наприкінці 1667 – на початку 1668 рр. П. Дорошенко приділив переговорам з Росією. Гетьман погоджувався прийняти царську про­текцію лише за низки умов, а саме: у містах і містечках не буде російських воєвод та інших урядників; з міщан і селян не збиратимуться податки; козацькі права і вільності не порушу­ватимуться; гетьманом обох боків Дніпра стане П. Дорошенко, а І. Брюховецький задовольниться боярством і маєтками. Оскільки московська сторона не погодилася на це, переговори зазнали невдачі.

Важливо відзначити, що на той час лівобережний гетьман І. Брюховецький з гарячого прихильника московської орієнтації став її противником.

На початку лютого 1668 р. в Лівобережжі вибух­нуло антимосковське повстання. До середини березня більшість території краю була звільнена з-під влади московського уряду. Тоді ж сталирішучішими дії Порти, спрямовані на встановлення протекції над Україною. У березні великий візир Мустафа-паша попередив уряд Речі Посполитої, що султан бере козаків під свою опіку й не дозволить їх кривдити. У червні, прийнявши посольство від І. Брю­ховецького, уряд Порти погодився взяти під протекцію й Лівобережну Україну, якщо на її теренах не буде російських залог.

Дочекавшись підходу татар і заручившись підтримкою значної частини лівобережної старшини, П. Дорошенко вирішив об’єднати козацьку Україну й усунути Брюховецького, для чого направив до того сотників з вимогою віддати клейноди. Брюховецький відмовився. Коли наступного дня військо правобережного гетьмана на­близилося до табору супротивника, козаки, які ненавиділи І. Брюховецького, схопили його й приве­ли до Дорошенка. Останній почав докоряти, чому, мовляв, не хотів здати гетьманство. Вражений пе­ребігом подій, І. Брюховецький мовчав. Відразу по тому, можливо, не без згоди правобережного гетьма­на, козаки накинулися на Брюховецького і за мить забили його. Гетьманом возз’єднаної України козацька рада обрала П. Дорошенка.

Здавалося, заповітна мрія цього визначного державного діяча здійснилася. Розіслані ним підрозділи до середини липня звільнили все Лівобе­режжя. Практично всі стани й соціальні групи укра­їнського суспільства підтримували його програму. Однак, розвиток подій пішов іншим шляхом. Уряди Московії, Речі Посполитої й Криму рішуче виступили проти акту возз’єднання Української держави, а частина старшини, переслідую­чи егоїстичні цілі, спираючись на допомогу ззовні, розпочала боротьбу за владу. Держава знову розпалася на два гетьманства.

В результаті тривалих переговорів між Росією і Польщею 30 січня 1667 р. в Андрусові (неподалік Смоленська) був підписаний договір про перемир’я на 13,5 років. За ним Лівобережна Україна і Київ залишались у складі Російської держави, а Правобережжя – під владою Польщі. Запорожжям мали правити обидві держави разом, та насправді воно визнавало управління лише з боку Росії.

Андрусівський договір не приніс миру українській землі. На обох берегах Дніпра продовжувалися козацько-селянські повстання. Населення Лівобережжя найбільш було незадоволене намаганням російського уряду урізати політичну автономію України, а головне – втручанням російських воєвод у місцеві справи. Московському уряду довелося в 1669 та 1672 р. в договорах з гетьманами Д.Многогрішним (1669–1672) та І. Самойловичем (1672–1687) обумовити компетенцію російських воєвод лише як воєначальників російських загонів – без права втручатися у будь-які внутрішні українські справи. Російські гарнізони зобов’язані були утримувати себе за рахунок власних коштів, але незаконні постої, викрадання худоби, реквізиції продовольства й інші злочинні дії щодо українського населення не припинялися.

По двадцяти роках після Андрусова, 6 травня 1686 р., між Росією і Польщею був підписаний договір, названий «Трактатом про вічний мир». Він зафіксував остаточне визнання Річчю Посполитою приєднання Лівобережної України до Росії, зафіксував за нею також право на Київ із навколишніми землями та Запорожжя. Більша частина Правобережної України залишилась під владою Речі Посполитої.

Таким чином, за доби Руїни гучні перемоги часів Б. Хмельницького були зведені нанівець нездатністю українців об’єднатися для досягнення спільної мети. В результаті було втрачено багатообіцяючу можливість політичного самовизначення. Збе­регти вдалося лише незначну частину колишніх завоювань.