Скинення з гетьманства І. Самойловича і вибори на козацькій раді в Коломаці у липні 1687 р. гетьманом Лівобережної України генерального осавула І. Мазепи (бл. 1639–1709) закінчили розглянутий драматичний період в історії України. Крім того з його ім’ям пов’язана ще одна спроба створення власної держави.
При обранні нового гетьмана були укладені «Коломацькі статті» – договірні умови між старшинами і урядом Росії. Вони суттєво посилювали владу царату на українських землях. Наприклад, гетьманові Лівобережної України заборонялось позбавляти старшину керівних посад без прямої згоди на це царя, а старшинам не дозволялось обирати гетьмана, у Батурині, столиці Гетьманщини, розміщувався полк московських стрільців, для захисту від татар на півдні будувалися міста-фортеці (запорожці сприйняли це як зазіхання на їхні привілеї). Тобто, в черговий раз автономія України затверджувалася в урізаному обсягові. Разом із тим статті не дозволяли російським воєводам втручатися в українські справи. А завдяки політичному хисту І. Мазепи низка шкідливих для України ухвал Коломацької угоди залишилася нечинною.
І. Мазепа був високоосвіченим політичним діячем і правив майже 21 рік. Намагаючись зміцнити гетьманську владу, він увів нову категорію козацької старшини – бунчукових товаришів, цілком залежних від нього. У проведенні внутрішньої політики гетьман спирався на козацьку старшину – роздавав їй землі, впорядкував податки, земельну власність. Дбаючи про збереження у Гетьманщині козацьких прав і вільностей, Мазепа не забував про власні інтереси. За роки правління він став одним з найбагатших феодалів Європи (мав 20 тис. маєтків).
Мазепа знав декілька мов, зібрав багату бібліотеку, ввійшов в історію як великий меценат: за його сприяння були збудовані й відреставровані понад 20 великих православних храмів, чимало монастирів, споруд для Києво-Могилянської колегії та ін. Він надавав матеріальну допомогу спудеям.
Зі сприяння Мазепи старшина, шляхта й монастирська влада різними способами перетворювали козаків на своїх підданих. Майнова нерівність козацтва була узаконена в 1698 р.: залежно від матеріального становища їх розділили на виборних (несли військову службу) і підпомічників (надавали допомогу виборним при спорядженні тих на службу).
Хоч І. Мазепа пожертвував на благодійні цілі величезні особисті кошти (більше мільйона золотих дукатів та мільйон злотих, 186 тис. крб.), він так і не здобув прихильності простого люду. Його вважали панським, старшинським гетьманом, вірним прислужником московського уряду. Знаючи про службу Мазепи в молодості при дворі польського короля, українська людність вірила чуткам, що гетьман – таємний католик. З політичними конкурентами з числа козацьких ватажків Мазепа розправлявся рішуче й жорстоко.
Довгий час гетьман був у дружніх стосунках з російським царем Петром І (1672–1725, трон посів у 1689 р.). Зі своїм військом Мазепа брав участь у походах Росії проти Туреччини. Але у 1700 р. Петро І, уклавши мир з Туреччиною, почав Північну війну зі Швецією за вихід до Балтійського моря.
Після проголошення цієї війни російський цар фактично перетворив Україну (в першу чергу її прикордонні землі з Польщею) на свою заручницю при вирішенні великодержавницьких проблем. Так, укладаючи угоду з польським королем Августом ІІ Сильним про спільні дії проти шведського короля Карла XІІ (1697–1718), він, нехтуючи інтересами України, пообіцяв уступити Речі Посполитій кілька міст на Правобережжі й деякі села Стародубського полку.
В ході війни зі шведами Петро І почав висувати надмірні вимоги до України: замість захисту власних земель від поляків, татар і турків – битися зі шведськими арміями в Лівонії, Литві, Центральній Польщі. Вже 1700 р. для ведення бойових дій проти шведів було відправлено 17 тис. козаків. Українські загони не могли рівнятися з регулярним військом, зазнавали значних (до 70%) втрат, на чолі загонів ставили російських та німецьких командирів. Козацький дух занепадав. Тисячі українців гинули також на будівництві фортець та нової столиці – Санкт-Петербурга.
Війна вимагала величезних коштів, тому гетьманська адміністрація постійно запроваджувала нові податки. Це збільшувало соціальну напруженість в українському суспільстві.
Остаточно наважився шукати іншого покровителя для України Мазепа, коли польський союзник Карла XІІ С. Лещинський почав погрожувати нападом на Україну, а Петро І відмовився допомогти боронитися від нападників. Коли поповзли чутки про намір царя реорганізувати козацтво, а гетьмана замінити російським ставлеником, то захвилювались і старшина, і Мазепа. Такі дії Петра з юридичного огляду розв’язували руки Мазепі, бо за умовами угоди 1654 р. Росія була зобов’язана надавати Україні військову підтримку.
Отут Мазепа й зробив свій історичний вибір, почавши переговори зі Швецією. Він пообіцяв Карлові XІІ зимові квартири в Україні для шведської армії, запаси їжі та фуражу й військову допомогу в обмін на звільнення краю від впливу Москви. В кінці жовтня 1708 р. гетьман виступив з Батурина назустріч шведам. Пізніше між Україною і Швецією було укладено угоду, згідно з якою остання виступала гарантом козацьких вільностей і недоторканності українських кордонів.
Однак заклики І. Мазепи підняти повстання проти російського царя не знайшли підтримки серед селян і козаків, які боялися знову потрапити під владу польської шляхти. Гетьмана мало хто піддержав – головним чином «низовики» під керівництвом кошового отамана К. Гордієнка та порівняно невелика кількість старшини і козаків Гетьманщини. Тому замість обіцяних 50 тис. війська Мазепа зміг привести з собою до табору Карла XІІ лише близько 3 тис. козаків.
Політичний вибір гетьмана став для Петра І вражаючою несподіванкою. За його наказом князь О. Меншиков зруйнував резиденцію гетьмана в Батурині, вирізавши всіх жителів – 6 тис. чоловіків, жінок і дітей. У травні 1709 р. російські війська зруйнували Січ, а цар видав наказ страчувати на місці кожного пійманого запорожця.
Після поразки 28 червня у Полтавській битві шведсько-українського війська, Мазепа разом з Карлом XІІ відступив у землі, контрольовані турками, де невдовзі помер.
Справу Мазепи у вигнанні продовжив його генеральний писар та найближчий радник П. Орлик (1672–1742). У 1710 р. ним була укладена перша конституція України (за місцем створення –Бендерська). Вона мала форму угоди між гетьманом, що обирався, та козацькою старшиною і називалася «Пакти і конституція прав і вольностей Запорозького козацтва». Цим документом планувалося: утворення незалежної Української держави в межах етнографічної національної території, визначеної Зборівським миром 1649 р., поділ влади на законодавчу (Генеральна Рада), виконавчу (Гетьман та його уряд) і судову (Генеральний суд). Своїм змістом та демократичністю конституція П. Орлика випереджала всі тогочасні європейські суспільно-політичні концепції.
Навесні 1711 р. новий козацький ватажок здійснив військовий похід на Правобережжя. Російська розвідка розгорнула справжнє полювання за П. Орликом та його соратниками. Опальний гетьман змушений був проживати у Швеції, Німеччині, Франції, Греції та Молдові, де й помер. В історію П. Орлик увійшов як останній гетьман, який відкрито домагався створення Української держави.
Петро І, назавжди перейнявшись недовірою до козацької старшини і відкинувши після Полтавської перемоги обіцянки про збереження «козацьких прав і вольностей», вже влітку 1709 р. призначиврезидентів (наглядачів) при гетьманському дворі. Вони повинні були стежити за переміщеннями запорожців на кордонах Гетьманщини, боротися з «мазепинською» агітацією, контролювати зовнішньополітичну діяльність гетьмана І. Скоропадського (1708–1722). Навіть гетьманську резиденцію перенесли з Батурина до Глухова, ближче до російського кордону.
Український народ отримав черговий гіркий урок.