В ході національно-визвольної революції, розпочатої у 1648 р., на значній частині українських теренів була встановлена місцева адміністрація, а колишня магнатська еліта, як українського походження, так і чужоземного, поступилася владою новій козацькій верхівці. Проте чимало болючих проблем лишилися нерозв’язаними. Серед лідерів, винесених бурхливою хвилею національного відродження до вищих ешелонів влади, виникли гострі суперечності щодо того, чи лишатися Україні під Москвою, чи ж шукати інших покровителів. Дедалі відчутнішими ставали й протиріччя між козацькою старшиною, яка прагнула утвердити за собою вакантне місце шляхти, та селянами й рядовим козацтвом, котрі не бажали втрачати можливість сформувати стан вільних козаків-землеробів.
І настали в Україні часи суспільного розбрату та внутрішніх чвар, чужоземної інтервенції, дальшого спустошення й поділів вже сплюндрованого краю. Називають цей період Руїною.
Виконуючи волю Б. Хмельницького, який вважав, що стабільність нової української держави здатна забезпечити тільки династична монархія, старшинська козацька рада ще в квітні 1657 р. прийняла рішення про встановлення спадковості гетьманства. Однак після смерті Богдана швидко знайшлися інші претенденти на владу. Першим зробив спробу відібрати булаву у 16-річного Ю. Хмельницького полковник Г. Лесницький, але зазнав невдачі. Успішніше діяв генеральний писар І. Виговський (1657–1659): старшинська рада обрала його гетьманом – «поки змужніє» Юрій (невдовзі й це обмеження було зняте).
Однак Виговський дуже швидко, по мірі того як стрімко зростало його власне багатство, почав втрачати авторитет у народі. Невдоволення мас викликало його відверте нехтування традиційними «свободами і вільностями» городового й запорозького козацтва. Після необачної спроби відновити шляхетське землеволодіння на терені Полтавського і Миргородського полків, проти нього піднялися козаки Полтавського полку (на чолі з М. Пушкарем) й Запорожжя.
Протягом лютого–березня 1658 р. І. Виговський вів складну й важкозрозумілу зовнішньополітичну діяльність. З одного боку, він проводив курс на зближення – на антиросійській платформі – з Річчю Посполитою і Кримом, з другого – робив такі поступки Москві, про які та могла лише мріяти. Зокрема, погодився на прибуття воєвод до українських «знатних міст» й передачу їм адміністративної влади, зголосився допустити воєвод з комісарами для складання козацького реєстру й перепису міщан, млинів, оренд тощо, уступив Москві низку білоруських міст, запропонував взяти на себе функції «вмиротворення» Запорожжя й Полтавського полку.
Московія ж, майстерно розігруючи карту примирення сторін, по суті провокувала загострення боротьби між ними, формуючи з козацтва, старшин і духовенства угруповання своїх прихильників. Починаючи з березня в повстанський рух втяглися десятки тисяч селян, міщан і козаків, вони громили маєтки шляхти й старшин, розправлялися з їх власниками, орендарями, збирачами податків. Боротьба переросла в громадянську війну. У ролі політичного керівника виступало Запорожжя, яке під прапором захисту козацьких прав і вільностей від «ляха» гетьмана, домагалося скликання чорної ради.
Дочекавшись у першій половині квітня підходу татар, І. Виговський вирішив розпочати активні операції проти повстанців. Він провів мобілізацію армії. Водночас направив посла до Польщі з повідомленням, що тепер найліпший час для переговорів про повернення козацької України до складу королівства. У першій половині травня українсько-кримська армія розпочала переправу через Дніпро.
Гетьманське військо, безжалісно спустошуючи околиці, оточило Полтаву. На початку червня І. Виговський надіслав ультиматум: визнати його владу і взяти участь у воєнній кампанії проти Московії. М. Пушкар засвідчив готовність скласти зброю, але за умови надіслання назад до Криму орди і відмови гетьмана від московського походу. Тоді І. Виговський пригрозив узяти Полтаву штурмом і всіх бунтівників знищити. У запеклому бою 10 червня в околицях міста повстанці зазнали поразки (полягло, за одними даними, 15 тис., за іншими – 30 тис. осіб). М. Пушкар потрапив до полону і був страчений (за свідченням інших джерел, його було вбито в бою, а голову принесено гетьману).
Частину захоплених до полону повстанців було страчено, інших – віддано татарам. Наступного дня І. Виговський увійшов до Полтави і «козаків велів усіх вирубати, а жінок і дітей і міщан і мужиків всіх віддав татарам», а саме місто дощенту зруйнував. Гетьман дозволив союзникам грабувати міста й села аж до м. Лубни і р. Сули. Щоб довершити розгром опозиції, він наказав стратити кількох полковників і 12 сотників. Усього внаслідок цієї каральної експедиції загинуло щонайменше 50 тис. осіб. Оскільки постраждало переважно населення Лівобережної України, окреслилася вкрай негативна тенденція його протистояння до Правобережжя.
Переговори з Польщею завершилися схваленням 5 липня 1658 р. проекту угоди, статті якої пізніше лягли в основу Гадяцького договору. Виговський прагнув домогтися входження козацької України до Речі Посполитої як суб’єкта рівноправної федерації, що викликало невдоволення правлячих кіл Польщі.
У вересні неподалік Гадяча розпочалися переговори Виговського з Польщею. Значна частина старшин виступила проти розриву договору з Московією. На зібраній 16 вересня козацькій раді українська сторона наполягала на створенні удільного Руського князівства (в етнічних межах України), скасування унії й повернення православній церкві відібраних храмів тощо. Польська – погоджувалася на визнання Руського князівства у межах виключно козацької України (Брацлавського, Київського, Чернігівського воєводств). Нарешті українці пішли на поступки і договір було укладено.
За ним Руське князівство (у тексті немає терміну «Велике») входило на правах формально рівноправного суб’єкта федерації до «єдиної і неподільної Речі Посполитої». Гетьман виступав одноразово київським воєводою і першим сенатором. Влада гетьмана – пожиттєва, а після його смерті король призначатиме нового з 4 претендентів, обраних українськими станами. За польським зразком утворювалися органи влади, відновлювався дореволюційний адміністративно-територіальний устрій. Князівство позбавлялося права на міжнародні відносини, його збройні сили обмежувалися 60 тис. козаків і 10 тис. найманців. У сфері соціально-економічних відносин передбачалося повернення до становища, яке існувало на 1648 р. Лише козакам підтверджувалися всі права і вільності (100 осіб з кожного полку отримували шляхетство). Визнавалася свобода релігійного віросповідання (католицького чи православного), гарантувалися права православної церкви на терені всієї етнічної України. Дозволялося відкриття двох академій і без обмежень шкіл і друкарень.
Отже, Гадяцький договір засвідчував відмову від реалізації ідей соборності та незалежності, ліквідовував соціальні та економічні здобутки української революції, що неминуче мало викликати спалах соціальної боротьби.
Відіславши 18 вересня комісарів і своїх послів до Варшави, гетьман продовжив похід до московського кордону. Але виступ проти війни з Росією козаків і частини старшини змусив його припинити наступ і розпустити армію. Цим скористалося російське військо, котре на початку листопада вступило в Україну. Так розпочалася українсько-московська війна, що зумовила поглиблення розколу серед еліти й спровокувала новий спалах політичної боротьби.
Після прибуття 4–5 тис. жовнірів й одержання звістки про наближення татар наприкінці грудня Виговський вирушив на Лівобережжя, щоб відновити свою владу. По дорозі гетьман вдавався до репресивних заходів: дозволив татарам брати у ясир населення міст і сіл, вороже настроєних до нього, розпорядився розпочати переселення на Правобережжя мешканців Полтавського і Миргородського полків. Це тільки посилювало ненависть населення до гетьмана й штовхали його супротивників в обійми Московії.
На початку квітня 1659 р. російське військо, очолюване князем О. Трубєцким, що загалом налічувало 100 тис. осіб, перейшло в наступ, однак було розбите під Конотопом у червні. Вражену поразкою Москву охопила паніка, царський двір збирався тікати до Ярославлю.
Блискуча перемога відкривала перспективу для успішного завершення протиборства з Московією й припинення громадянської війни. Однак реалізувати її гетьманові не вдалося. По-перше, невдоволена підступністю Варшави старшина почала пошук шляхів до порозуміння з Росією, внаслідок чого воєнні дії велися дуже мляво, по-друге, І. Виговський знову вдався до терору щодо опозиції, що посилило ненависть до нього значної частини населення Лівобережжя (а водночас і промосковські настрої); по-третє, татари, набравши здобичі, повернулися до Криму, а без них воювати гетьман не наважився.
Тим часом у Лівобережжі посилився антигетьманський, і відповідно проросійський, рух. До кінця вересня на вірність царю присягнула більшість лівобережних полковників. Скориставшись сприятливою обстановкою, О. Трубєцкой перейшов у наступ і на початку жовтня увійшов до Переяслава.
Різко погіршилося становище гетьмана і на Правобережжі, де опозиційні сили зосередилися навколо Ю. Хмельницького. На середину вересня у його таборі зібралося близько 10 тис. осіб. Щоб урятувати ситуацію, І. Виговський скликав чорну раду. Та козаки почали звинувачувати гетьмана в ігноруванні інтересів козацької України, й після тривалих переговорів він змушений був повернути клейноди. Близько 24 вересня неподалік від Фастова чорна рада обрала гетьманом Ю. Хмельницького (1659–1663).
Перед новим гетьманом стояли надзвичайно складні завдання: припинити громадянську війну, пом’якшити соціальне напруження, покласти край як охлократичним поривам «черні», так іолігархічній сваволі старшин. І, що найголовніше, запобігти загрозі територіального розпаду України на Лівобережжя, Правобережжя та Запорожжя, домогтися повного суверенітету та об’єднання етнічно-українських земель у межах держави.
Досить складною була зовнішньополітична ситуація. Так, у Лівобережжі перебували московські війська, які користувалися підтримкою значної частини населення, тому продовження війни з Московією означало подальший розвиток громадянської війни. Слід було шукати порозуміння. Водночас розрив договору з Річчю Посполитою ставив Україну перед загрозою відновлення воєнних дій з нею та Кримським ханством. Тому уряд прийняв рішення діяти обережно, граючи на суперечностях між Московією й Річчю Посполитою.
Ю. Хмельницький вирішив укласти новий договір з Московією. Однак, О. Трубєцкой, вдавшись до військового шантажу, домігся на скликаній 27 жовтня 1659 р. раді ухвалення нового Переяславського договору. Він складався з підроблених московським урядом умов договору 1654 р. (українська сторона їх на цей час втратила) та додаткових статей. Зміст договору переносив характер українсько-московських відносин із сфери конфедеративного союзу у площину обмеженої автономії України в складі Росії. Відповідно до нього козацька Україна позбавлялася права без дозволу царя переобирати гетьмана, а той втрачав право призначати й звільняти полковників, карати смертю старшин, виступати у похід без царського дозволу. Заборонялися зносини з іншими країнами. Російські воєводи отримували змогу прибути разом із залогами до Переяслава, Ніжина, Чернігова, Брацлава й Умані. Київська митрополія підпорядковувалася московському патріархута ін.
Добре освічений і не позбавлений гострого розуму гетьман Ю. Хмельницький не мав здібностей ні політика, ні полководця. Емоційно неврівноважений, слабкої волі, він не користувався авторитетом серед старшини, не міг твердо тримати кермо влади і швидко став іграшкою в руках лідерів політичних угруповань. Тому, усвідомлюючи свою слабкість, він уже в лютому 1660 р. почав висловлювати міркування про небажання обіймати гетьманську посаду.
Тим часом у політичній свідомості еліти неухильно зміцнювались небезпечні тенденції: по-перше, відмови від реалізації національної державної ідеї й висунення на чільне місце регіональних політичних інтересів, по-друге, при розв’язанні внутрішньополітичних проблем все більше покладатися на уряди іноземних країн (в залежності від орієнтації тих чи інших угруповань). Все реальнішою ставала загроза розколу козацької України на два гетьманства, оскільки лівобережна старшина, при підтримці Московії, взяла курс на відокремлення від Правобережжя. Становище жселянства й незаможного козацтва помітно погіршувалося внаслідок величезних зловживань старшини.
Невдоволення широких кіл незаможного козацтва вміло використав у політичній боротьбі запорозький гетьман І. Брюховецький (1663–1668). Він створив собі авторитет найрішучішого борця за козацькі права й вільності. Як палкий прихильник московської орієнтації, Брюховецький часто висловлювався за ліквідацію гетьманату й створення князівства на чолі з російським царевичемФедором.
Зазнавши влітку 1662 р. серйозної поразки під час нового походу в Лівобережну Україну, Ю. Хмельницький остаточно вирішив скласти повноваження гетьмана. В першій половині січня 1663 р. на скликаній у Чигирині козацькій раді гетьманом обирається П. Тетеря (1663–1665).
П. Тетеря підтримав наміри Яна Казиміра розпочати воєнні дії проти Московії, сподіваючись за допомогою Польщі домогтися возз’єднання козацької України. З прибуттям у другій половині вересня 22-тисячного польського війська під проводом короля, він спробував заручитися підтримкою з боку Запорожжя та населення Лівобережжя. Однак боротьба за владу між різними політичними угрупованнями завершилася тим, що Тетеря втік до Польщі, прихопивши клейноди, корогви й залишки архіву.