Наука і філософія, на думку Фоми, описують навколишній світ, спираючись на розум і досвід. Теологія “пояснює”, наприклад, такі чудеса: зцілення хворих, воскресіння з мертвих, чудеса природи і т. ін., одержуючи істину за допомогою одкровення, Священного писання. У зв’язку з цим Фома сформулював ряд принципових положень:

1.Теологія самодостатня: вона використовує науку і філософію з метою кращого розуміння божественних істин, але не залежить від них.

2.Істини теології мають своїм джерелом одкровення, а істини науки – чуттєвий досвід і розум. Тому вони (теологія і наука) не заважають одна одній, а лише доповнюють одна іншу, існують в згоді. Власне, кажучи, Фома говорив про гармонію віри і розуму.

Він стверджував, що в релігії і теології є ряд положень, що мають потребу у філософському обґрунтуванні, не тому, що вони не можуть без нього обійтися, а тому, що будучи доведеними, вони стають ближче людині як мислячій істоті і тим самим зміцнюють її віру. Доказу піддаються положення про буття Бога, його єдиність, особливості його діяльності, безсмертя людської душі. Доказ цих положень і утворює той теоретичний зміст, яке є загальним у філософії. Однак значне число догматів не піддається раціональному обґрунтуванню – наприклад, ортодоксальна віра в трійцю як існування надприродного Бога як єдиної істоти й одночасно в трьох образах; виникнення світу в часі з нічого і т.п. Ці догмати, на думку Фоми, не протирозумні, не ірраціональні, а надрозумні. Їхній доказ не під силу людському розуму.

Однак треба мати на увазі, що теологія Фоми вище науки, і якщо, як він пише, розум не виконує своєї задачі в справі доказу догматів, він стає марним і є небезпека того, що він переродиться в небезпечні омани. У випадку конфлікту вирішальне слово залишається за теологією (вірою), що вище всіх раціональних доказів. Не важко здогадатися, що наука тут утягнена в рамки християнської ортодоксії і її місце тільки там.