Професори Києво-Могилянської академії онтологічну проблематику розглядали в курсах метафізики, логіки й фізики. Буття як таке, загальні властивості сущого, його засади, першопричину всього сущого (абсолютне буття Бога) вони зараховували до компетенції метафізики. Тому метафізика в них, як і в схоластиці загалом, була також онтотеологією. Розуміння метафізики, згідно з яким її завданням було дослідження внутрішніх і зовнішніх засад сущого, що давало змогу їй проникати в абсолютне буття Бога як першопричину всього сущого з метою осягнення сущого конечного, було розвинуте і обґрунтоване в метафізиці Ф. Суареса, утвердилося у шкільній філософії Нового часу, суттєво вплинуло на новітнє мислення.
Загалом у схоластиці буття розумілося як внутрішня основа для дійсності сущого в його реальному або можливому змісті. Буття як таке схоласти відрізняли від буття певного й обмеженого сущого. Суще вони поділяли на необхідне і контингентне (випадкове, не необхідне). Необхідне суще вважалося тотожним з буттям, і таким сущим був, на їхню думку, Бог; контингентне суще розумілося як конечне суще. Виокремлюючи буття і сутність як конститутивні принципи реального сущого, томісти наполягали на реальній відмінності між буттям і сутністю (distinctio realis). Послідовники Д. Скота не визнавали такої відмінності і замінили її відмінністю формальною (distinctio formalis ex natura rei), а прихильники Ф. Суареса — мисленою відмінністю (distinctio rationis cum fundamento in re). Усі вони мали на увазі не реальне, а поняттєве розрізнення, яке було, на їхнє переконання, закорінене у речі, про що свідчать вислови «ex natura rei» («на підставі природи речі»), «cum fundamento in re» («з основою у речі») тощо.
Отже, «реальна дистинкція» була центральним пунктом дискусії між різними схоластичними школами. Суаресіанці, вчення яких було поширеним в єзуїтських колегіумах і використовувалось у Києво-Могилянській академії, основним предметом метафізики вважали реальне суще і згідно із своїм розумінням буття щодо конкретно конституйованого сущого ставили питання про те, чи воно існує і що собою являє, а отже, шукали відповідь на шляху розв´язання проблеми сутності й існування, залишаючи поза увагою актуальне для томістів питання внутрішньої конституції сущого, принципи буттєво-сумірної його конституції — співвідношення буття і сутності.
У могилянських філософських курсах об´єктом метафізики вважалося суще як таке (ens ut ens) або суще, спільне для Бога й створінь. Бог, на думку могилянців, є необхідним і самодостатнім сущим, він є самим буттям, сутність та існування в ньому тотожні. У метафізиці українського релігійного, культурного і освітнього діяча Інокентія Гізеля (1600—1683) Бог характеризується як нематеріальний, безсмертний, безмежно досконалий, єдиний, всюдисущий, як вільна причина. За визначенням українського і білоруського теолога і філософа Георгія Кониського (1717—1795), Бог є сущим, що має буття саме по собі, тобто є самодостатнім, «причиною і принципом себе самого негативно, тобто не маючи свого буття від іншого». Згідно із схоластичною традицією могилянці не вважали існування Бога істиною, що не потребує доведення, і в своїх курсах метафізики вони викладали започатковані Томою Аквінським докази Божого існування. У їхніх курсах етики, розділах, присвячених досягненню найвищого щастя, наявна теза, джерелом якої була східна і західна патристика (зокрема, твори Августина, Іоанна Дамаскіна), що домінувала в українській думці домогилянського періоду, про можливість досягнення найвищого щастя шляхом інтуїтивного бачення Бога, що передбачало характерне для містичної традиції переконання у вродженій присутності в людській душі, серці («внутрішній» людині) Божественної істини. Отже, наявні в могилянських курсах етики твердження про можливість містичного інтуїтивного пізнання Бога співіснували з притаманними схоластиці раціоналістичними доказами його буття, що викладали в курсах метафізики.
Схоластика, обґрунтовуючи креаціонізм, тобто вільне творення Богом світу, передбачала структуру сущого, що складалася із сущого необхідного й контингентного. Загалом проблема контингентності сущого ґрунтується на розрізненні сутності конечного сущого і його існування. Якщо стосовно будь-чого поставити питання, чи воно є і що собою являє, то на перше питання відповідь буде існування, а на друге — сутність. Однак дійсність сущого не вичерпується тим, що конституйоване завдяки сутності та існуванню. Його подальші властивості і визначення виражаються через субстанцію і акциденцію. Під субстанцією, зокрема в схоластичній філософії, розуміли те, що існує в собі й саме по собі, що не є визначенням або властивістю чогось іншого і не лише не потребує жодного іншого «носія», якому властиве визначення, а й виключає його наявність. Таке розуміння субстанції характерне для могилянських філософських курсів.
Під акциденцією ж професори академії розуміли те, що входить до іншого. Отже, вона, на думку могилянців, є певною властивістю субстанційного сущого, яка не може існувати без відповідної кінцевої субстанції, що повинна акцидентально (випадково) здійснюватися, набувати певних властивостей — мати певну кількість, якість, бути визначеною у просторі й часі, мати відношення до інших речей або кінцевих субстанцій, здійснювати певні дії і зазнавати впливу інших речей, мати духовні властивості тощо.
Серед усіх видів субстанцій, які виокремлювали у своїх філософських курсах професори Києво-Могилянської академії, найбільшу увагу вони зосереджували на повній створеній субстанції, самосущому бутті або самосущій сутності, що є одиничною річчю. Ця одинична річ, а не вічні ідеї або поняття Бога, як у дотомістичній схоластиці, розглядалася ними як вихідний пункт побудови їхньої концепції буття і концепції пізнання, оскільки саме вона вважалася безпосередньо даною інтелектові. Такий погляд на одиничну річ формував і їхню концепцію універсалій.
Універсаліями могилянці вважали ідеальні сутності різного ступеня абстрактності, у т. ч. і ті, що у вигляді індивідуальних форм речей репрезентували у світі вище буття і були закорінені як у речах навколишнього світу, так і в людському розумі. Коли професор Києво-Могилянської академії дивився на будь-яку річ крізь призму певного поняття, він намагався виявити це поняття, приховане, на його переконання, під тілесною оболонкою цієї речі. Він уважав, що й у речах наявні аналоги понять людського розуму. Загалом у схоластичній філософії проблему універсалій розв´язували або з позиції крайнього реалізму, згідно з яким універсаліям надавалося онтологічного статусу й інтерпретації на зразок платонівських ідей, що існують в дійсності до речей, або в контексті номіналістичного вчення, яке ототожнювало універсалії з іменами одиничних предметів.
У XI—XII ст. П. Абеляр сформулював концептуалістичну теорію універсалій, яка розглядала їх як продукт абстрагуючої діяльності розуму, який, відокремлюючи від речей їх загальні властивості, формує певні концепти. Поряд із крайнім реалістичним і номіналістичним напрямами існували їхні помірковані різновиди. Помірковану реалістичну течію започаткував у XIV ст. Тома Аквінський. Концепціям поміркованого реалізму і поміркованого номіналізму в інтерпретації проблеми універсалій здебільшого надавали перевагу професори Києво-Могилянської академії. Інокентій Гізель, наприклад, у своєму філософському курсі, прочитаному в 1646—1647 pp., заперечував наявність у природі платонівських ідей — відокремлених від одиничних речей універсальних природ, які надають цим речам свою сутність. Він стверджував, що «сутність неможливо відокремити від речі, сутністю якої вона є».
Аналогічний погляд на цю проблему виявили Йоасаф Кроковський, Стефан Яворський, Стефан Калиновський, Теофан Прокопович. «Певним є, — стверджував Стефан Яворський, — що даються універсалії у бутті або даються універсальні природи, і вони не є слова чи поняття інтелекту». Водночас він уважав, що «універсальні природи не існують поза своїми одиничними речами як відокремлені». Український і російський церковний діяч, філософ Теофан Прокопович (1677—1736) у своєму курсі логіки висловлював таку думку: «Визнаю, що за відсутності розумової діяльності існує основне універсальне, і заперечую, що за тих же умов існує формальне універсальне». На переконання Георгія Кониського, «суб´єктом універсалії є натури речей, які не є так реально відрізненими від індивідів, щоб існували самі собою, а не з допомогою інтелекту». Розмірковуючи над проблемою універсалій, він зауважив, що і «без усякого осмислення інтелектом люди мають один і той самий вид і природу, так само істоти і рослини — один рід». Думку, що людська природа «є універсальною без допомоги розуму», висловлював і Теофан Прокопович. На переконання Георгія Кониського, універсалії є вічними, незмінними, нематеріальними, сутністю одиничних речей, бо людяність дає Петрові можливість бути людиною, а істотність — істотою. Саме необхідні і незмінні універсалії, а не випадкові й змінні одиничні речі є об´єктом пізнання. Загалом у своєму трактуванні проблеми універсалій могилянці наслідували Ф. Суареса, який важливого значення в процесі їх формулювання надавав інтелектові, водночас визнавав їх закоріненість у речах. Отже, вони були переконані в наявності одвічного зв´язку між «формою» речі, що виявляється за допомогою понять, і буттям цієї форми, намагалися зафіксувати цей зв´язок у межах концептуальних побудов, поєднуючи в одній конструкції ессенціальні й екзистенційні моменти.
Центральною у вченні про буття у філософських курсах професорів академії була проблема матерії і форми. У руслі схоластичної традиції матерію і форму могилянці вважали складовими сутності тілесних субстанцій. Згідно з їхньою концепцією основою всього існуючого є певний субстрат, який завдяки привнесенню форми перетворюється на ту чи іншу річ. Проблему матерії і форми викладачі академії трактували по-різному. Більшість з них відштовхувалася від арістотелівського визначення матерії: «Матерія, — на думку Георгія Кониського, — є першим суб´єктом кожної речі, з якого будь-що постає так, як властиве йому не випадково і в що переходить останній [прояв], коли щось гине». Подавали вони і середньовічну модифікацію цього визначення, за якою першоматерія — це недосконала субстанція, яка разом з формою становить одне ціле; або це — недосконала тілесна субстанція, здатна сприймати всі природні форми. Визначення матерії у філософському курсі Георгія Кониського, прочитаного ним у 1749—1751 pp., та її визначення у курсі філософії Інокентія Гізеля, датованому 1645—1647 pp., суттєво не відрізняються. «Першоматерія, — стверджував Інокентій Гізель, — є неповною субстанцією. Вона як первинний суб´єкт не може містити у собі інший суб´єкт. З цієї причини матерія не може бути акцидентом. Далі те, що з неї як з її складової частини виникає сама по собі єдина субстанція, тобто субстанціальний композитум, потребує доповнення її ще однією частиною. Першоматерія — це проста буттєвість (simplex entitas), тобто вона не складається з суб´єкта і форми, оскільки, являючи собою первинний суб´єкт, вона формально не повинна визначатися через форму, що передбачає наявність суб´єкта».
Отже, професори Києво-Могилянської академії не сприйняли томістичного розуміння матерії як чистої можливості, позбавленої власного існування. Визнаючи її як неповну субстанцію, недосконалу тілесну субстанцію або як просту буттєвість (entitas), тобто як певний варіант цілісної, конкретної дійсності, вони орієнтувалися на концепцію Ф. Суареса, який розглядав матерію як буттєвість саму по собі з притаманним їй власним, відмінним від форми, існуванням.
Могилянці наділяли матерію такими властивостями, як ненароджуваність, незнищуваність, певна активність. На їх переконання, змінні за своєю природою речі можуть народжуватися, виникати і зникати, а матерія як їхня основа не народжується і не знищується. Викладачі академії не гіпостазують форми, не відривають її від матерії, натомість обґрунтовують ідею про віртуальне передіснування форм у матерії, з якої їх виводять за допомогою природних чинників. Такий порядок їх виведення, на думку могилянців, встановив творець природи — Бог, що все створив згідно з природою речей. Дотримуючись схоластичних поглядів на проблему матерії, Теофан Прокопович намагався дещо наблизити її трактування до уявлень Нового часу, характеризував матерію не лише як загальний субстрат усього існуючого, а як протяжну — таку, що має ширину, довжину, глибину, висоту тощо.
Найближче до властивого філософії Нового часу розуміння матерії підійшов професор Києво-Могилянської академії Георгій Щербацький (прибл. 1725—1754). Використавши при підготовці свого філософського курсу підручник професора Сорбонни Е. Пурхоція, він продемонстрував можливість переосмислення перипатетико-схоластичних ідей на основі використання новітніх філософських концепцій, наповнення звичних положень і понять новим — картезіанським змістом. Даючи матерії усталене в академічних курсах філософії арістотелівське визначення як першого суб´єкта, з якого виникають чуттєві речі, він інтерпретував його в дусі філософії Нового часу. При цьому терміни «суб´єкт» і «об´єкт» вживалися викладачами академії в їх середньовічному значенні, тобто суб´єкт вони розуміли як об´єкт, і навпаки. У такий спосіб ці терміни часто вживалися і новітніми філософами, зокрема Декартом. Під суб´єктом, стверджував Георгій Щербацький, слід розуміти певну субстанцію — протяжну, щільну і непроникливу, позбавлену будь-якої чуттєвої форми. Вона є або трьома елементами Декарта, або атомами Демокріта і Гассенді, або ще чимось, поки що не встановленим. Докладно викладаючи погляди Декарта і Гассенді на структуру світу, будову матерії, Георгій Щербацький дотримувався картезіанського вчення, чим відрізнявся навіть від свого найближчого попередника Георгія Кониського.
Крім системи світу Птоломея, професори Києво-Могилянської академії викладали систему Т. Браге і М. Коперника. Вперше про систему світу М. Коперника згадав у своєму курсі філософії Інокентій Гізель, схвально оцінив це вчення Теофан Прокопович. Докладніше на ній зупинився Георгій Кониський. «Микола Коперник Борус, — писав він, — доктор медицини і дуже видатний математик, приєднався до вигаданої колись Арістархом і Філолаєм системи, відшліфував, проілюстрував і намагався пояснити її багатьма значними доказами з таким щасливим наслідком, що повів за собою дуже багатьох сучасних філософів і астрономів, не зупиняючись перед Святим Письмом, яке, як побачимо далі, здається цілком протилежним цій системі. А вона така: в центрі світу стоїть нерухоме Сонце, в крайньому разі стосовно руху локального: навколо нього безперервно [обертається] Меркурій, що закінчує свій період впродовж трьох місяців, потім Венера досконалим восьмимісячним колом, далі Земля з усією елементарною сферою, здійснюючи подвійний рух навколо зазначених світил, очевидно, Сонця, Меркурія і Венери. Один з її рухів називається річним, інший — денним. Річний — це той рух, яким Земля обертається навколо Сонця від заходу до сходу, згідно з появою знаків Зодіаку, що спричинює нерухоме положення Сонця у центрі світу і його перебування у стані спокою, незважаючи на те, що здається, наче воно рухається і проходить ці знаки. Денним же рухом Землі є той рух, завдяки якому вона рухається навколо Сонця або довкола себе самої від заходу до сходу, подібно до того, як тверда куля, покладена на тверду поверхню, прямує до межі, до якої вона підштовхнута, і водночас обертається по колу навколо себе самої». Далі Георгій Кониський схвально відгукувався про вчення Декарта, зокрема його доповнення геліоцентричної системи М. Коперника теорією вихорів. «Картезій, — писав він, — дуже докладно пояснив систему Коперника, поділивши весь цей Всесвіт на різні вихори або круговороти; так що стільки є велетенських вихорів, скільки зірок; і Сонце, і Земля є зірками».
Позитивну оцінку геліоцентричної системи і теорії вихорів Декарта обстоював у своєму філософському курсі Георгій Щербацький. Отже, в наявну в могилянських лекційних курсах концепцію цілісного, впорядкованого, насиченого божественними енергіями космосу поступово проникали й утверджувалися новітні філософські ідеї і гіпотези.
У філософських курсах Києво-Могилянської академії значна увага приділялася натурфілософській проблемі руху. У багатьох із них, насамперед у створюваних в XVII ст., переважала закріплена в схоластиці арістотелівська концепція руху, яка не давала позитивного його опису, оскільки картина руху у фізичній доктрині перипатетиків подавалася через стан спокою. Рух вони розуміли як просування до якогось кінцевого стану. Природний рух — до відповідного певному тілу стану спокою, вимушений — до цільового прагнення двигуна. Для Інокентія Гізеля, наприклад, рух — це передусім різноманітні зміни, що відбуваються в природі, безвідносно до того, якими вони є — просторовим переміщенням, якісним чи кількісним перетворенням. Таке розуміння руху можна назвати «форми руху природи», оскільки природа вважалася принципом руху. Інокентій Гізель виокремлював чотири види руху:
1) виникнення, або народження, — шлях від небуття до буття. Наприклад, людина народжується, бо раніше не існувала. Після цього вона існує;
2) загибель, знищення — рух від буття до небуття, коли, наприклад, гине тварина, або кількісний рух, тобто ріст і зменшення. Ріст є тоді, коли якась річ збільшується через набуття більшої кількості. Це відбувається, коли підліток росте. Зменшення відбувається тоді, коли тіло за кількістю зменшується. Прикладом може бути згущення рідини або схуднення людини після хвороби;
3) якісний рух, зміна. Він здійснюється тоді, «коли щось спрямовується до іншої якості, наприклад, з холодного стає гарячим»;
4) локальний рух (motus localis) — просторове переміщення, яке відбувається, коли «хтось рухається від одного місця до іншого».
Чотири види руху як просторового переміщення, живлення, якісної зміни і росту нараховував і український та російський богослов, письменник, філософ Стефан Яворський (1658—1722). Як і Інокентій Гізель, він вважав, що рух слід розглядати «не лише як локальний, від місця до місця, але також як рух, що змінює субстанцію».
Український філософ, професор Києво-Могилянської академії Михайло Козачинський (1699—1755) розглядав рух як зміну, «завдяки якій річ стає іншою порівняно до того, якою вона була раніше», нараховуючи шість його видів. Стільки ж видів руху (народження і загибель, збільшення і зменшення, зміна якості і переміщення) вирізняли Йосиф Кононович-Горбацький, Стефан Калиновський, Георгій Кониський. Лише три види руху виокремлював Теофан Прокопович: 1) рух щодо кількості, який буває подвійним — збільшенням і зменшенням; 2) рух стосовно якості, що називається зміною; 3) рух відносно місця, який називається зміною місця, або переміщенням. Отже, в класифікації руху українські філософи або брали за основу арістотелівську схему, що нараховувала шість видів руху, або її модифікували.
В епоху формування механістичної картини світу і пошуку диференціальних закономірностей буття таке («нерозчленоване») уявлення про рух було застарілим. Однак механістична картина світу не просто змінила трансформовані схоластикою різні перипатетичні і неоплатонівські побудови. Вона розв´язала суперечності старої, насамперед арістотелівської, космології і фізики, переосмисливши існуючі і витворивши нові поняття, дійшовши в такий спосіб нових висновків.
У філософських курсах Києво-Могилянської академії поєдналися старе з новим, традиційні інтерпретації — з пошуками нових ідей, притаманне другій схоластиці передчуття відкриття нових законів. Про це свідчать розмірковування Інокентія Гізеля про універсальний характер руху як самозамкнутого, завершеного у собі процесу. В такий спосіб він описував окремі локальні переміщення або зміни, що відбуваються з речами. Загалом процеси розпаду й утворення речей у природі Інокентій Гізель вважав взаємопов´язаними, і цей зв´язок, на його переконання, відбувався за допомогою формувальної, об´єднувальної функцій руху. Спираючись на своє твердження про те, що загибель одного є народженням іншого, він доводив, що будь-яку річ, яка розпадається і перестає існувати, водночас можна розглядати як початкову межу, від якої починається рух до утворення нової речі, що приходить на зміну знищеної. Оскільки процеси розпаду й виникнення речей, їх перехід з одного стану в інші, з неприродних у природні місця — безперервні, то неперервним, універсальним є й сам рух, заснований на боротьбі та взаємному витісненні протилежностей.
Про намагання Інокентія Гізеля обґрунтувати універсальність руху свідчить його концепція співвідношення руху і спокою. Подібно до Арістотеля він вважав, що природа прагне до спокою як до мети, водночас стверджував, що не лише спокій, а й рух є природним станом матеріальних тіл, а також визначав природу як принцип руху і спокою. Говорячи про спокій як про «позбавлення або заперечення руху», Інокентій Гізель певною мірою наближався до розуміння відносності спокою й утверджував універсальність руху. Таке уявлення про універсальність руху спостерігається й у філософському курсі Теофана Прокоповича.
Суттєві зміни в арістотелівське розуміння руху внесло наявне у філософських курсах академії вчення про impetus, або імпульс, поштовх. У ньому компромісно поєднувалася перипатетична інтерпретація проблеми руху кинутих тіл з концепцією паризького оккаміста Ж. Бурідана. Пояснюючи рух кинутих тіл, Інокентій Гізель стверджував, що вони рухаються під дією наданого їм тілом-двигуном поштовху (impetus), який стає їх внутрішньою силою, а також за допомогою середовища, насамперед повітря, що певною мірою сприяє прискоренню руху цих тіл. Тобто йшлося про рушійну здатність, що передавалася одному тілові від іншого під час поштовху — одне з ключових понять на шляху формування поняття «інерційний рух». Теорія impetus виконувала зазвичай деструктивну роль, демонструючи неадекватність логіко-онтологічної концепції Арістотеля меті створення стрункого несуперечливого вчення про рух. У Західній Європі ця концепція каталізувала формування нової системи ціннісних орієнтирів, що призвело до зміни основних тез фізичної доктрини середньовіччя. Вчення про impetus торувало шлях для такого бачення світу, в якому він постає як система тіл у русі, а рух або енергія передається від одного тіла до іншого. Сам факт утвердження поняття «рухоме тіло» як вихідного пункту фізичної картини світу був важливим для становлення в Україні новітніх механістичних ідей.
У філософських курсах Києво-Могилянської академії помітний певний інтерес до дослідного природознавства. Так, Теофан Прокопович посилається на численні спостереження у галузі оптики, механіки, гідродинаміки, гірської, артилерійської, інженерної справи тощо. Він вчив своїх студентів експериментувати при дослідженні мінералів, атмосферного тиску, розмноження найпростіших організмів, застосовувати у своїх спостереженнях астрономічні інструменти тощо. У своєму філософському курсі використовував надбання давніх і сучасних йому математиків і природознавців, посилався на Евкліда, Архімеда, Піфагора, Аполлонія, Прокла, Вітрувія, Галена, Плінія, Авіценну, Аверроеса, Альфонса XIII, Кардано, Порту, Бойля, Геріке, Бореллі, Коперника, Галілея, Браге, Везалія та ін. Зацікавленість експериментальним природознавством виявляли й інші професори Києво-Могилянської академії.
Простір професори Києво-Могилянської академії XVII—XVIII ст. мислили невід´ємним від речей і середовища, абсолютно позбавленим порожнечі. На їхню думку, навколишнє середовище і величезна кількість окремих тіл не зливаються, а стискаються між собою, тому простір є корелятивним зв´язком між двома тілами, з яких одне охоплює інше, а обидва розділяються за допомогою межі. Він ототожнювався з місцем, а воно, у свою чергу, визначалося через зіткнення. Метричного характеру простору надавалося через запозичену в схоластичній традиції категорію «внутрішнє місце» (ubi intrinsecum). Ця категорія розглядалася як іманентна щодо речей ідеальна сутність. Поняття «ubi intrinsecum», або «ubicatio» («розміщення»), використовував Георгій Кониський: «Під розміщенням філософи розуміють не що інше, як існування речі у якомусь місці, наприклад існування людини в храмі. Деякі називають таке розміщення внутрішнім місцем, і з цією його назвою погоджуються всі». Це внутрішнє місце Георгій Кониський розумів як певну сутність, модальний чи роздільний спосіб, завдяки якому речі розташовуються у тих чи інших місцях. Теофан Прокопович припускав наявність певних сутностей, що «називають модальними, або різноманітних способів, завдяки яким речі існують у часі й перебувають у просторі».
Традиційно для києво-могилянського інтелектуального середовища розглядав проблему часу Георгій Щербацький. Для нього час — це послідовна тривалість кожної речі, яка мала початок і може мати кінець. Ця тривалість, якій відповідає поняття «внутрішній час», наявна і в курсах інших професорів академії — реальна, невіддільна від речей, вона є самою річчю, оскільки саме річ і триває. Тезу про невіддільність часу від речей у їх різних станах, зокрема руху і спокою, він підкріплює посиланнями на твір Лукреція «Про природу речей». Необхідність поняття «зовнішній (уявний) час», що був би універсальною мірою, зовнішнім еталоном, за допомогою якого вимірювалася б тривалість різноманітних речей і процесів, Георгій Щербацький не заперечував. Однак уявлення про час як міру руху першого рухомого неба викликало в нього неабиякі сумніви, адже система Птолемея вже не могла, на його думку, задовольнити жодного астронома. Значну увагу він приділяв концепції внутрішнього часу, поглибивши її під впливом уявлень сучасної науки, ототожнюючи внутрішній час із самими речами. Ідучи за Боецієм, він тлумачив поняття «божественна вічність» (aeternitas) як одночасно цілісне і завершене володіння нескінченним життям, зараховуючи його до компетенції метафізики. Водночас звертав увагу і на роль свідомості у сприйманні часу. До нього цим питанням цікавилися Йоасаф Кроковський, Теофан Прокопович, який наголошував на неоднаковому сприйнятті тривалості одного і того самого відрізка часу людьми, які перебувають у різних психологічних станах. Георгій Щербацький у дусі ідеалістичної психологізації часу, спираючись на вчення Августина, стверджував, що кожна людина, чітко уявляючи, що таке час, не може, проте, ні пояснити його, ні виразити словами, ні описати. Він висловлював припущення про наявність апріорного, вродженого у всіх людях поняття часу.
Отже, інтерпретація могилянцями натурфілософської проблематики свідчить про їхні намагання в межах схоластичної парадигми філософування осмислити деякі актуальні ідеї новітньої філософії.