Одностайної думки стосовно філософських поглядів Йосипа Міхневича (1809—1885) в історії української філософії немає. Так, церковний історик XIX ст. О. Нікольський вважав, що із усіх академічних філософів Міхневич більше тяжів до Фіхте. Цю думку він аргументував, посилаючись на визначення Міхневичем філософії як науки про свідомість, проводячи аналогію із вченням Фіхте.
Д. Чижевський у своїх «Нарисах…» наголошував на значному впливі на світогляд Міхневича поглядів Гегеля: «Впливи Гегеля, зокрема його історизму, може були вже в декого із згаданих мисленників… Але значніші впливи — у декого з вихованців Київської академії, — зокрема у … Міхневича». Український філософ В. Горський стверджував, що у Міхневича «спостерігається початок переорієнтації з філософії Шеллінга на сприйняття ідей гегелівської філософії».
У кожному із цих міркувань є своя рація. У творах Міхневича відчувається вплив ідей і Шеллінга, і Фіхте, і Гегеля, але вони трансформуються у його творчому спадку крізь призму вітчизняної філософської традиції, а саме крізь призму ціннісних орієнтирів християнської духовної традиції.
Й. Міхневич насамперед дотримувався формального визначення філософії як науки, що вивчає все і те, що є в усьому, тобто всезагальні начала, первинні форми, вічні закони і основні цілі. Він вважав, що в його часи здатність осягати всезагальні начала речей (здатність філософувати) може бути реалізована лише за допомогою одкровення, бо саме Боже одкровення розкриває перед філософією таємничу царину метафізичного світу. Філософія підкоряється одкровенню, не втрачаючи при цьому своєї самостійності, але відшукати відповіді на всі питання розуму лише в Божественному одкровенні означало б робити одкровення такою книгою, котра могла б задовольняти тільки людську допитливість. Насправді одкровення слугує моральному вдосконаленню людства. Міхневич наголошував також, що розум завжди вимагає логічної послідовності і математичної ясності в думках, а це вміння притаманне тільки філософії як науці, що досліджує природу людського духу.
За переконанням Міхневича, людський дух і душа завжди були в центрі досліджень філософів минулого і сучасності. Зокрема, грекам були відомі ті самі властивості душі, що і його сучасникам: духовність, простота, свобода, безсмертя. Вони мали певні знання про ті самі сили душі, що й сучасна йому філософія: про відчуття, розсудок, розум, волю. Проте істинна єдність душі з тілом була для язичницької (грецької) філософії нездійсненною. Переселення душ в інші тіла греки вважали можливим, а з´єднання душі з тілом — неможливим. Тому, як зауважив мислитель, для язичницької філософії було характерне неповноцінне розуміння сутності ідеї про безсмертя душі.
На його думку, віра в майбутнє життя існувала завжди, але розумілося воно однобічно, бо «поєднуючи людину з Богом, філософи не могли злити його єства з Єством Божественним, і людина внаслідок цього губилася у Бозі, як крапля води в океані».
Зовсім невідомими для давніх греків були шляхи досягнення вічного блаженства. Щоб знайти загублений шлях до неба, вони пропонували різні засоби: Сократ — богоуподібнення, Платон — гармонію сил душі, стоїки — наслідування долі, неоплатоніки — відречення від плоті.
Міхневич не заперечував сприятливого впливу філософії на моральне життя давніх греків. Однак цей вплив був досить обмеженим, бо людський розум не зміг би, за його переконанням, осягнути всю багатоманітність світу в усіх його станах і на всіх етапах розвитку: «Майбутнє від розуму приховане, минуле — темне, а сучасне досить уривчасте». Він дійшов висновку, що людство за панування язичницької філософії перебувало в стані духовної хвороби, тобто у стані гріха, а накази одного природного розуму ніколи не спроможні були врятувати його. Єдиним виходом було прийняття розумом Божого одкровення. Міхневич поставив слушні запитання: що тепер залишається робити розуму; якщо в Божому Слові відкривається те, що було приховане, то над чим повинна працювати філософія; чи є ще предмет, яким вона повинна займатися. На його думку, такий предмет існує.
Найважливішим об´єктом пізнання є людина. Крім філософії, не існує жодної науки, яка б досліджувала її у всій повноті. Одкровення пояснює лише темні сторони людського єства, допомагає розуму краще бачити їх, глибше досліджувати і пізнавати. Божий промисел тільки полегшує діяльність людського розуму. Людині дано Боже Слово, яке містить вічні істини, що вимагають від неї глибокого пізнання себе, світу і Бога: «Одне тільки ніколи не повинно бути забуте філософією, що у неї тепер є два закони: закон неписаний, природний, закон розуму; і закон писаний, позитивний, закон Одкровення. Філософ повинен тепер щохвилинно справлятися з обома законами; а лишаючись тільки в рамках одного з них, він або руйнує все заради своєї філософії, або знищує саму філософію. Тільки та філософія є святилищем істинної мудрості, котра випливає з розуму, анітрохи не віддаляючись від Одкровення».
Отже, питання про співвідношення філософії і релігії Міхневич розглядав із теїстичних позицій, стверджуючи, що сліпою є віра, в якій немає знання, але й недалекоглядним є знання, в якому немає віри. Філософія завжди була, є і буде в тісному зв´язку з релігією, бо «те, чого не може розум, відкривається у слові Божому, а чого не може зробити людина, те робить Бог».
Появі філософії, як вважав мислитель, передує розвиток розумової діяльності в усіх галузях людського життя. Це стосується матеріальної сфери промисловості, суспільних відносин, інститутів, науки, мистецтва тощо. Тільки після цього з´являється у людства потреба пізнати причини і закони сущого, а це і є просвітлення істини — коли людина творить науку за наукою і нарешті витворює раціональну науку наук — філософію. Тобто людство, перш ніж досягти філософських вершин у пізнанні сутності всього, має подолати всі етапи свого розвитку і домогтися повноти самоусвідомлення, що демонструє культура Давньої Греції. «Філософія, — зробив висновок Міхневич, — це наука про свідомість, як зі сторони “підлеглої”, так і зі сторони “передлеглої”, тобто про суб´єкт та природу нашої свідомості і про головні акти її, які відкриваються нам у пізнанні світу, людини і Бога; це наука, яка ґрунтується на ідеях і обмежується дослідженням можливої, необхідної та безумовної сторони речей».
Філософія — це наука про свідомість, яка розглядається з трьох боків: а) з боку суб´єкта свідомості; б) з боку внутрішньої активності свідомості, що розкривається в мисленні; в) з боку діяльності зовнішньої, яка розкривається в свідомості. На цій основі він виокремив три складові філософії: 1) психологію, яка вивчає суб´єкт свідомості; 2) логіку з етикою та естетикою, які вивчають закони і форми мислення, волю і відчуття; 3) метафізику, предметом якої є надчуттєве пізнання. Ці головні складові поділяють на теологію, космологію, антропологію — частини метафізики; ідеологію, естетику, етику — частини антропології.
Значну увагу приділяв Й. Міхневич логіці й етиці. Своє бачення предмета логіки та основних законів мислення він сформулював у праці «Досвід поступового розвитку головних дій мислення як керівництва до першопочаткового викладу логіки» (1847). На його думку, логіка як наука ще не визначилася стосовно свого предмета: для одних вчених головним предметом досліджень є закони і форми чистого мислення, для інших — процес пізнання. Акцентується або практика, або теоретична сфера, а це спричинило те, що логіку розглядають або як науку, яка досліджує правила мислення і тому навчає мислити, або як науку, яка займається чистою теорією розвитку людської думки. За переконанням Міхневича, логіка як наука про мислення повинна звертати увагу на такі його акценти: а) форму, тобто те, що показує, як мислення виникає та існує і який зміст вкладається в закони і форми мислення; б) зміст, тобто елементи мислення — внутрішні (суто логічні) і зовнішні (онтологічні); в) взаємозв´язок між формою та змістом мислення, способом єдності яких є метод, а формою — система. Тому логіка повинна бути аналітикою форми мислення, аналітикою змісту мислення, архітектонікою, до якої входить методологія і систематика.
Етика, як зауважив Міхневич, повинна повністю покладатися на Боже одкровення, а не відшукувати якісь нові засоби морального вдосконалення людства. Однак вона повинна мати і свою специфіку, оскільки поділяється на аналітику, теорію діяльності, вчення про доброчинність і систему обов´язків.
Метафізика, або ідеологія, як її інколи називав Міхневич, повинна розкривати природу і властивості буття нескінченного; природу і властивості кінцевих речей — матеріальних і духовних; вказувати спосіб і міру виявлення нескінченних ідей у кінцевих явищах. Розділяти метафізику повинні соматологія, пневматологія, космологія. Соматологія і пневматологія покликані відшукувати в кінцевому бутті речей матеріальне і духовне начала, розкривати їх взаємодію. Космологія повинна займатися вивченням: а) царини неорганічного світу, де проявляється ідея істини в незмінному і однобічному вигляді; б) царини органічного світу, де ідея істини трансформується в ідеї прекрасного; в) духовно-моральної царини, де ідеї добра знаходять своє втілення у свободі. Отже, з погляду Міхневича, у майбутньому повинна бути здійснена ідея філософії.